告别了基拉祁，小智一行人继续上路了，而今天上午吃饭的时候，一只大嘴鸥飞了过来，留下了一封信，信里说非常的欣赏小智，认为小智是一位优秀的训练家，所以邀请他来挑战刚研究出来的对战系统，落款人是一位叫做荣格的博士，而小智看到随附的地图后，发现荣格博士的研究所就在不远处，所以欣然接受了邀请，接着两人就向着研究所走去。
“啊，那个就是研究所啊，还是第一次看到城堡式的研究所呢！”这时一座建立在河畔的宏伟城堡出现在了两人的眼前，瑟蕾娜非常地惊叹。
“这些是什么，难道是照明系统吗？”城堡的门敞开着，小智一行走进后，就发现大理石铺就的地面上有很多吐出的半圆部分，瑟蕾娜不明所以的猜测说，
“可能吧。”小智听到后，观察了一下，得出了结论。
“咦？大木博士？”就在这时，瑟蕾娜发现了前方的大木以及他的一个助手，两人不知道在说些什么。
“哟！是小智啊！看来，小智到这里来，应该也是受到了荣格博士的邀请了。”大木博士的助手看了过来，原来是小茂，小茂拿出一封信，笑着对小智说道。
“嘿！小茂！”小智打了招呼，也把那封信拿了出来。
“我听说荣格七年的研究终于出成果了，所以就陪着小茂一起来了，没想到会碰到你们。”随后大木博士瑟蕾娜打招呼。
“各位，我一直在等你们呢！”就在这时，从屋里走出一位蓝色短发，身穿白大褂的人，“欢迎来到我的研究所。”
“哦，荣格，好久不见了！”大木博士看到来人高兴的说，原来眼前的这位就是研究出新的对战系统的荣格博士了。
“呐呐呐，荣格博士，那个新的对战系统在什么地方？”小智这时已经迫不及待地想要见一见新的对战系统了。
“各位正身处其中呢！”荣格博士说了一句让大家摸不着头脑的话，“接下来，我就展示给大家看。”随后博士拿出一个操纵装置，按了几个按钮后，庭院地上的半圆凸起突然发出亮光，并且之间有光线把他们连接到了一起，形成了一个一个的六边形，如同蜂巢一般。
“难道这就是幻影领域？”大木博士对这个东西还是知道一点的。
“是的，他们可以在里面自由的行动！”荣格博士一边说着一边接着操纵着按钮，几道光线对撞到一起，在大家眼前出现了三只神奇宝贝。
“是镰刀盔、多刺菊石兽和太古盔甲！”看着眼前的三只神奇宝贝，瑟蕾娜非常的惊讶。
“幻影神奇宝贝，也就是说，你的幻影系统已经完成了？”大木博士不可相信的说。
“是的，以神奇宝贝的数据为基础，声音、智慧还有躯体，能组成神奇宝贝完整个体的系统，由此诞生的它，理所当然的称为幻影神奇宝贝。”
“和真的神奇宝贝一样！”瑟蕾娜忍不住的走上前去，摸了摸多刺菊石兽，那冰冷的触觉，仿佛真正摸到了硬壳一般。
“那是当然的，不仅可以参与对战，灭绝的神奇宝贝，稀有的，甚至神秘的神奇宝贝，所有的神奇宝贝都能见到，换言之，这将促进神奇宝贝研究的飞跃发展，那么接下来。”荣格博士说完后，三只化石神奇宝贝就消失了，代替的则是一只波士可多拉，“小智、小茂，有兴趣挑战我的幻影神奇宝贝吗？”
“虽然我现在从事研究了，但是和别的地区的神奇宝贝对战，我也是乐意至极。”小茂对此非常的感兴趣，他还从来没有和丰缘地区的神奇宝贝交过手呢。
大家跟着荣格博士一起来到了一处对战场地，大木博士走到了裁判的位置上，“马上将举行荣格博士与小茂的神奇宝贝对战，使用的神奇宝贝为一只，当有一方的神奇宝贝失去战斗能力的时候，比赛即为结束！”
“好，去吧，巨沼怪！”小茂看到对方已经准备就绪，接着派出了自己的神奇宝贝。
“这是小茂路上偶然遇到的，这也是一种运气呐哈哈。”大木博士看见小智和瑟蕾娜疑惑的目光，解释说。
“就由你先攻吧！”荣格博士把先攻权让给了小茂。
“那我就不客气了！巨沼怪，水炮！”小茂也没有推脱，直接让巨沼怪使用了水炮，一道粗壮的水柱应声而出，直接命中了对面的波士可多拉，激起一阵烟尘。