在围困南昌的同时，明军派出魏君重所部，由南昌北上，攻取九江，截断武昌至南昌的增援之路。魏君重名义上是率领的灭朔军的一个师，其实他这个师屡经战斗，已经扩充至近三万余人。朱永兴的意思很明显，魏君重所部是早晚要独成一军的。他的这个想法也早通报了魏王马宝，让马宝再从闽省和赣省百姓中招募一师，补足灭朔军的差额。
若论明清两国的地域，明朝还是处于劣势；但要论动员能力，以及民众参与支坚的热情，清朝则是远远不及。湖广士绅捐输的粮食，光复区百姓的踊跃支前，使明军的后勤压力大为减轻，且士气高涨。
永历十六年，康熙元年，公元1662年十二月二十一，在沿途民众的倾力相助下，三十余门重炮运抵南昌城下；十二月二十二，坑道施工业已完成，开始填装火药。
十二月二十三日凌晨，南昌西城墙在两声轰然巨响中垮塌，严阵以待的明军立刻呐喊冲锋，从两个缺口处蜂拥入城。激战至下午三时许，南昌城内的清军被全部肃清，都统穆占被击毙，所带满蒙兵将被尽数斩杀。十二月二十四日，朱永兴在南昌城内接到了魏君重的急报，九江已下。至此，武昌的上游、下游皆被明军所控，基本上失去了重地的意义。
而明军绕过武昌的战略行动获得了巨大成功，沿江东进便是南直隶的上游咽喉——安庆，只需拿下安庆，便可控制长江及准河。是以取南京必先得安庆。
当年郑成功由长江入攻南京，主力攻下镇江后屯于南京城下，以张煌言率偏师往攻安庆。张煌言船不足百，兵只两千，除了收复安庆之外。周围四府十余县亦尽落入他手，一时间局面大好，只可惜郑军主力一败，安庆等地亦不可守，也只得急忙后撤，将这些府县归还于清兵之手。
一道道谕令从南昌飞出。快马加鞭送往各处。各部明军纷纷而动，大决战终于拉开了帷幕。
十二月二十六，经过两日休整的荡朔、殄朔两军由南昌出发，走九江，东进下游的重镇安庆。
十二月二十七。魏君重率部由九江西进，兵逼武昌；同时，岳州的征朔军，荆州新成的讨朔军，以及长江水师，一并向武昌压去，合击已被孤立的这一清军集团。十二月二十九，闽省灭朔军兵出分水关。由苍南、平阳、瑞安直取温州；靖海侯邓耀率分舰队开至温州外海，并于温州以北的乐清佯攻登陆，予以配合。
永历十七年。康熙二年，公元1663年一月二日，镇海伯杨彦迪、建平伯郑缵绪率两千余艘战船由崇明出动，直入长江。在南通江面，破朔军借船南渡长江，水陆大军直指清军第一道江防——江阴。
一月五日。明军进至江阴，清朝文武官员凭城扼守。明军水师先破江上工事。然后驶近城池予以炮轰，破朔军趁势猛攻。江阴小县，一日而下；八日，明军进抵瓜州，阵斩清游击一名，败敌满汉兵马数千，炸断拦江铁索，摧毁锁江防线“滚江龙”，焚毁清军江上浮营（又称木城）三座，使清方苦心经营的江防工事全部瓦解。同一天，明军攻克瓜州，清操江巡抚投降。
一月六日，西路明军一改几日来不急不缓的推进速度，昼夜倍道，兼程而进，直逼安庆。而作为奇兵突出的一部明军骑兵，事先化装成清兵模样，由高得捷率领，先于大军诈开城门，安庆清军惊慌失措，在敌情不明的情况下，数千之众竟出东门仓惶而逃，安庆乃下。
一月十日，西路明军正继续东进，已有芜湖等地官绅派人送来密信，通报纳降归附的消息；明军以不足一千的骑兵先行，于一月九日收复芜湖；一月十日，长江水师一部冲破武昌江面，前来会合，并通报武昌正被三路明军围攻，城内清军有弃城北窜的迹象。
一月十一日，明水陆大军在镇江银山大破清江宁派来的援兵，清镇江守将与知府献城投降。十三日，先锋舟舰已进抵南京城下。
一月十五日，明军西线军团于当涂与东线哨船会合，从而基本上形成了东西会师，截断长江，合击南京的战略意图。
从攻克南昌到东西会师，不到一个月的时间里明军长驱直进，几乎没有经过什么大战。
按后来的历史记载：“帝御驾亲征，王师所至，江之南北相率来归。郡则太平、宁国、池州、徽州；县则当涂、芜湖、繁昌、宣城、宁国、南陵、南宁、太平、旌德、贵池、铜陵、东流、建德、青阳、石埭、泾县、巢县、含山、舒城、庐江、高淳、溧水、溧阳、建平；州则广德、无为以及和阳，或招降，或克复，凡得府四、州三，县则二十四焉。”。
取得这样巨大的成果，原因主要有三个：一是清军在长江下游的兵力单薄，三个重兵集团一在南昌被歼灭，一在武昌被围攻，一在江浙被灭朔军牵制；二是当时反清复明势力的社会基础还相当大，各地绅衿百姓不忘明室，明军于西南崛起并屡战屡胜，使他们重燃希望，盼之久矣；三是明军纪律严明，所到之处秋毫无犯，使士绅百姓箪食壶浆，倾力相助。
而明军的战斗力，以及动用的大军，更是远超当年郑成功所发动的长江之役。不算其他战场予以配合的明军，东西会师之后，陆军便有殄朔、荡朔、破朔三个军，以及一直担任朱永兴近卫师的靖朔军第一师，再加上水师陆战队，已经超过了十三万之众；水师更是有两千余艘大小船只，官兵两万余人。在装备上，明军拥有的火枪火炮的数量和威力更不是当年的郑军可比。
此时明军兵抵南京，形势与郑成功长江之役时又大不相同。上游州县、水路多为明军所控。不必象当年郑军，担心清军由这个方向赶来增援；明军水师更为强大，炮火更猛，清廷想从北方增援，如何渡江。便是一个难以逾越的障碍；而江浙清军固然能够回援，却要面临被灭朔军衔尾追击的危险，且要尽弃江浙要地。
这个时候便看出之前稳步进取的好处了，周边无强敌，进抵南京城下的明军可以说是后顾无忧。当然，清廷在江浙不断投入兵力。此时南京的清军数量也要多于长江之役时，有一万有余。而在明军势如破竹般向南京逼进的时候，为了保卫南京，南京的江南总督郎廷佐不惜以放弃部分州县为代价，从附近地区调集一切可用的军队。同时向清廷发出十万火急的求援奏疏。
“自海逆于京口得志后，贼势大盛，于十三日，已溯江逼近江宁。时因城大兵分，力薄难支，恳请速从京师调遣大兵前来，方可恢复，大江两岸城池亦不致失守。”
“贼兵水陆二十余万、战船两千余艘。猖獗之势更胜郑逆。现攻下镇江、太平、宁国等府，浦口、*、丹涂（当作丹徒）等州，欲攻围南都。危如垒卵，乞发大兵南下救援扑灭，免致燎原焰天”。
郎廷佐的奏疏或有夸大之嫌，但此次明军进攻南京的兵力和气势确实强大，使其惶恐难安，以致在奏疏中发出窘迫之语。
但些时求援已经晚了。朱永兴不会犯郑成功那样的错误，更知道太平军是如何攻破武昌和南京的。城墙虽高大坚固。依然难挡爆破之术。
一月十九日，朱永兴驾临南京城下。此时。殄朔军在狮子山立营，荡朔军于雨花台驻扎，破朔军屯扎西南角，并没有四面合围南京。这是吸取了郑成功失败的教训，十余万大军虽然占据压倒性优势，但明代的南京城垣周围非常广大，要将南京包围得水泄不通，是有困难的。且分兵则势弱，当初郑军分营围城，便是被清军分头击破的。
最多七天破城，能有多少清军入城增援？朱永兴赶至狮子山，立刻召集各军将领进行了战役部署，命令各军工兵集中起来，全力由静海寺、天后宫开挖地道，突破口即是城北仪凤门。同时在城南雨花台附近架设炮兵阵地，作为佯攻掩护。又命水师和陆战队并陆军一部进攻江北的江浦、浦口，阻遏江北清军的增援。
为什么要急着攻破南京？在朱永兴与参谋们的推演中，还有一个方案，便是故意拖延，待江南之敌全聚于南京后再一鼓全歼。但朱永兴记得一句话，叫夜长梦多。
如果能尽快攻取南京，不仅是军事上的胜利，而且在政治意义上有巨大的影响。南京一下，然后分兵四出，仍在观望之中的清绿营官兵和更多的汉族官绅必然反正来归，顽固不化者则聚而歼之，明军即可迅速占领江南，从而形成与清廷一轮新的对峙。
该缓时缓，该急时急。朱永兴要在开春前解决江南战事，不耽误春季耕种，以备明年大举北伐。所以，在有利态势达成之后，立刻兵行如火，展开了雷霆万钧，并是蓄谋已久的推进和攻势。