在恩加诺岛东南海域，南云也接到了侦察机发回的电报，攻击明古鲁的日机发现马绍尔舰队的踪迹，其中部分还未完成投弹的轰炸机调转方向，改向德国舰队发动进攻。根据情报，德国舰队中有四艘航空母舰，但却并没有派出轰炸机对他进行进攻。
这种情况让他的航空作战参谋原田中佐十分紧张，这很容易让人联想到去年发生的北大西洋海战时的情景。在那场海战中，也是担任吸进英国人注意力的德国舰队没有发动反击，而是全力派出战斗机进行舰队的防御，而是由另外埋伏的奥匈航空舰队首先发动的进攻。在那场海战中，英国人损失了他们大部分的航空母舰，从而丧失了海洋的控制权。
说实在的，大部分在南洋作战的日本海军将领对于海军部制订的这项海上反击作战计划都颇有微词。日本海军实力不足，本身离开了岸基作战飞机的保护去主动出击，本身就存在着很大的风险。
现在南云海军中将确实处于进退维谷的境地。
从第一波攻击的战机发回的报告来看，敌人护航的战斗机数量很多，有二十六架零式战斗机保护的三十多架轰炸机对敌人的攻击并没有取得多少成果，只有十几架飞机冒险突破了敌人的防线，匆忙进行了投弹，可能有一艘敌人的航母被炸弹命中（实际上命中的是一艘飞机运输船，马绍尔手上的航空母舰依然完好无损）。
现在南云要作出决断，敌人有六艘航空母舰（日本飞机把两艘甲板上停满飞机的运输船也当成了航空母舰），实力要远超过了他，实际上他现在必须要首先攻击这些敌舰。可是，立刻发动第二波攻击，还存在很严重的障碍。为了防止敌人的袭击，为第二波攻击进行护航的全部48架零式战斗机都已经起飞，正在舰队上空进行战斗巡逻。
现在南云真正可用的力量只有“飞龙号”和“苍龙号”的三十六架俯冲轰炸机和四十八架鱼雷机了。如果他派出轰炸机对敌特混舰队施以先发制人的攻击，它们没有战斗机掩护，它们很容易成为灵活快速的敌人战斗机的活靶子，遭受严重的损失。
南云在犹豫，此时永友少佐指挥的第一攻击波已经完成对明古鲁登陆场的轰炸归来，这些飞机需要在航母上降落，这更需要南云迅速作出决断。就在这生死关头，他属下的第二航空母舰战队司令官山口多闻海军少将向南云海军中将提出一项紧急建议。山口的旗舰“飞龙号”离“赤城号”还有相当距离，他在舰上收到了“利根号”搜索机连续发来的侦察报告，却迟迟不见南云下达立即攻击的命令，他感到这样是既不明智也又危险的事。于是他指示为他护航的“野分号”驱逐舰向南云海军中将转发了他的电报：“我认为应该立即命令攻击部队起飞。”
那位把电报交给南云的通讯官根本不敢正眼看着他已经变得铁青的脸，在世界上任何国家海军中，下属在作战中拍发这样的电讯会被看作是对上司侮辱行为，因为这表示他在怀疑上司的指挥能力；在日本帝国舰队中，这可是胆大妄为，自杀性的冒犯。
山口的电报起到的效果适得其反，南云马上干出截然相反的事来：命令把在甲板上所有准备作战的飞机——包括山口舰队手下的飞机——送下机库，清空飞行甲板，并指示整个机动舰队的航空母舰准备回收飞机。
实际上日本舰队的结果从他们驶出巽他海峡的那一刹那就已经决定了，本身航空母舰数量就少一半，加上又调走了最强的第五航空战队，南云手上的五艘航母只有310架飞机，而他的对手，轴心国联合舰队却拥有超过1200多架作战飞机，从实力的对比上，轴心国舰队足以吊打整个南云舰队。
南云的决定无非是加快了日本机动舰队的覆灭速度而已。
日本人的五条航空母舰上的人员正在回收所有的飞机，准备给它们给它们再装上武器，灌满了燃料，安在飞行甲板的规定位置上。此时航空母舰处于最混乱也是最虚弱的时候，基本上没有什么反击能力。
在返航的飞机一架接着一架降落在飞行甲板上的时候，下面机库甲板上在拼命赶着给鱼雷机重新装雷。只穿着短袖衬衣和短裤的地勤人员匆忙地卸掉重磅炸弹。他们来不及把卸下的炸弹送回到下面的炸弹库去，只好堆积在机库旁边。
问题是轴心国的第一波飞机编队恰好在这个时候赶到了战场。
数量庞大的奥中联合攻击编队，排成井井有条的梯队队形，满载着炸弹从空中呼啸而来，出现在了日本舰队西面的天空。
日本此时虽然已经从美国得到了雷达技术，但日本薄弱的电子工业到现在只制造出了四套雷达设备，而且这些雷达还全部装备到了联合舰队山本司令所指挥的战列舰上面，最为重要的机动部队却没有装备任何一台雷达。
在日本海军中，传统的战列舰派依然占据上风，虽然日本海军拥有很强的航母舰队，但他们依然把航空母舰当成了辅助舰只。比如山本所指挥的两支战列舰编队，按照德奥的作法肯定会被编入特混舰队的护航编队当中，而日本人却一直让这些防御很强的战舰单独编队，游离在航母编队之外，这造成航母编队的整个防空火力十分薄弱。
日本海军自然要为他们落后的海军思想付出相应的代价。
在空中警戒的巡逻机首先发现了来袭的机群，随之，舰队外层的驱逐舰也冒着黑烟，拉响了防空警报。
但奥中舰队派出的机群已经驶到了距南云舰队只有60公里的海空，只有10分钟的时间，南云无论如何也来不及作出多少反应。
南云现在真的已经走投无路了。
空袭警报响彻了这片海空，屏护舰队的高射炮通通通地吐出一团团浓浓的黑烟，航空母舰打破了队形躲避来犯的飞机，为数不多的零式飞机在慢腾腾地向敌机的高度在爬升。
但奥中机群的进攻已经开始了。