在山本拓和小兰在伊豆海滩破完案子后开始享受假期的时候，柯南醒过来发现自己在一个残破的厨房里，身上还被缠着绳子。
“头好晕啊…可恶！对我下了什么迷药…”柯南摇摇头不忿道。
柯南站起身来，四处瞅瞅，发现有个窗户就走了过去，从窗户向外看去，发现自己身处在一间旧房子的二楼。
“什么？你还没有宰了他？”
“你不要逼我！上面明明说不能杀他的……”
柯南在想办法的时候，门外传来男女争吵的声音。
柯南走过去透过门上破洞看去，发现那个绑架她的女人和一个穿披风戴高帽的男人。
“不管怎样，他是吃了那种药产生的副作用的特例，应该将他带回组织调查！”那个自称文代的胖女人说道。
“真麻烦！这样我们还得设法带他去组织。”穿披风的男人不爽的说道。
看着门后两人的争吵，柯南心中想到：“原来如此……怪不得只是将我带到这里不杀我，不过那个男人是谁？”
正在柯南想着的时候，那男人转过身来，然而那男人还带着可怕的面具，他似乎察觉到不对，缓缓的朝门走来。
柯南迅速装死，那男人透过刚才柯南看门洞向里看去，文代在旁边问道：“那小鬼醒了吗？”
“还没，睡的正香甜呢……药效似乎还没退……”那男子看着还倒在地上柯南说道，“不过，他真的是工藤新一吗？怎么看都不像啊……”
“是啊，我也还无法完全确定……”叫文代的女人说道，“可是在工藤新一失踪之后，那小鬼就跟着出现在侦探事务所……而且自从他出现后，事务所的办案效率就是莫名其妙地提高了许多……再从他白天逃跑的敏捷身手看来……怎么看都像工藤新一本人！！他一定是喝了组织新研究的毒药，才变小的……”
“喔……你是说当时组织为了灭口而强灌他的那个药啊……但是，那不是杀人毒药吗？”面具男说道。
“所以说啊，我还是不太能相信那药能使人变小……”文代附和说道。
“不然我们就来做个试验吧！”面具男提议道。
“什么试验？”文代好奇的问道。
“组织也有配给我一模一样的毒药…”面具男拿出一盒药说道，“只要把这药给别人试试，就可以知道它到底会不会使人缩小！”
“好是好…但是要找谁呢？”文代有些意动。
“哼哼…就找明天那笔交易的对象…组织要我们等交易结束就马上解决掉那个人…反正他早晚都死…”面具男冷酷的说道。
“可是，万一这药真的能让人变小，那又怎么办？”文代疑问道。
“这还不简单！先当场宰了那家伙…然后，再回头来收拾这小鬼！！”面具男冰冷的说道。
“等等！上级不是说这小鬼是此药产生副作用的特例，叫我们要活捉回去化验吗？”文代疑惑道。