海军都督府的大军分水陆两路南下，抵达上海之后，知县来迎，李彦直将海军都督府衙门设在淞江岸边，又宣布了朝廷将上海设为市舶司总署所在地之意，全面接掌这里的军政大权。
知县听说李都督要在上海开市舶，就带了吏、礼、兵、刑、户、工六房属吏来听命，那些吏员、书算都跃跃欲试，心想既开市舶司，这里头大有好处可拿，大有油水可捞。李彦直是何等眼光，一眼扫过去，见这些人双目似贼，油滑得不得了，便一个也不用，却让张岳去主抓这件事情，所用之干部，都是六艺堂毕业的学生。至于办事人员，则宁可招收市井中的人才，也不再用官府旧人。
与市舶司事务同时，军队布置也在进行。此次随李彦直南下的部队，陆战部有一万五千人，水师三万二千人，大小战船两百八十余艘。李彦直接掌了宝山所，将陆战部都安置在这里，跟着部署水师。那三万两千水师核心是张岳带来的鸡笼寨机兵约五千人，李彦直将之作为海军都督府水师的本部主力，安置在黄浦江入海口的水寨中，又派林碧川据长江口外的大七岛，派徐元亮据小七岛，派洪迪珍据小七岛南的羊山岛，又调遣金山卫原有将士，进驻金山卫海岸线外二十里的滩浒山，这样安排下来以后，上海的岸外防线就成了。
部署既定，洪迪珍、周文豹等都来促请李彦直赶紧南下，以免大员受到攻击，李彦直却道：“欲速则不达。现在就挟大军南下，只会更慢。”只派徐元亮南下试探，结果徐元亮在大衢山附近就遇到了陈思盼的伏击。
王直北上的这段时间里，陈思盼大力搜罗手下，据有七大水寨，部众超过一万人，徐元亮不敢更他正面对抗，绕向西边要避开他的锋芒，不想却又在杭州湾外的东霍山一带被于七阻截。
原来王直、破山南下之后，在南直隶以及浙闽海面广布流言，说李彦直背叛了东海众，还从天津带了大军南下，要将所有海商海盗斩尽杀绝。这流言其实也不全是谣言，因李彦直在京津一带确实把王直一派害得够呛，这时王直也不需编造故事，只把李彦直如何对付他的事情添油加醋地告诉陈思盼、于七等人，这些人一听之下哪有不恐慌的，只半月之间便有数万之众归附了王直、破山祈求庇护，一些比较大的头领人物，如陈思盼、于七、邓文俊等不愿意归附王直，却也各自为守。及李彦直到达上海之后部署长江出海口的防务，那更是天朝正规军的气派！陈思盼、于七等心中害怕，又听了王直的话，先入为主，对北面下来的徐元亮部便深怀戒惧。
浙东的这些海盗加在一起，数量不下十万，战船逾千，而且在这一带是地头蛇，熟悉周围的海路，这些人分散开来难成大气候，但齐心反抗时便让李彦直大感棘手，知道要越浙东海面南下，绕不开这批人。他派人传令各寨让他们归降，但各寨都紧闭寨门，不肯出来。
徐元亮得了李彦直的戒饬，没再南下，只派遣船只到浙东各岛宣传李彦直的“招抚”之意，但浙东各岛无人肯信，反而加紧了戒备，以防北师来袭。只有少数几伙小股海商冒险受了招安，并给徐元亮带来了一个惊人的消息：王直和破山已经拥众南下、攻打大员去了！徐元亮得到消息后赶紧回禀海军都督府衙门。
王牧民的旧部担心大员的基业，便促请李彦直赶紧发兵，张岳却持反对意见，说道：“海路要到大员，得先经过浙海。如今浙江海面各岛各寨都将我们视为大敌，我们的船队南下，是要先收拾了这些岛寨，还是要不顾他们，硬冲下去？若不先收拾这些岛屿水寨，中途若遇到伏击怎么办？或者我们到达闽海之后，浙东群盗与已经进入大员海峡的王直、破山夹击我们，那时又怎么办？但要先收拾浙东沿海的这些岛屿水寨，且不说我们现在的水师实力未必就足够，就是我们实力足够，等我们收拾了浙东之后再南下，时间上也来不及啊。”
李彦直深以为然，安慰诸将道：“张岳说的甚是，我也早就说过，欲速则不达。”
周文豹问：“可要是让王直他们真把大员给打下了，那时可怎么办？”
“我早已派逸凡南下了。”李彦直说：“这件事情是王五峰和破山占了先机，有此局面也在意料之中。但吴平他们若能按我说的做，至少能叫王五峰他们讨不了好去。但万一吴平他们在我们赶到之前就已经全军覆没，那我们去了也只是让王直、破山各个击破而已。所以眼下我们先要做的，是挖王五峰他们的根——只要挖断他们的根，就算让他们暂时占据上风，日子一久对方也将无以为继。”
诸将问：“他们的根是什么？怎么挖他们的根？”
李彦直嘿了一声，说：“他们的根就是海外贸易，王直以冲海禁起家，要挖他们的根，就是开市舶司，使天下货物聚于我处，东海所有海商就会对王五峰离心离德，弃王直而就我，那时他在东海过得一天便弱一天。东海大势会自然而然地向我这边转。”
李义久又问：“可万一他们占据了大员，那时可怎么办？”
“大员被他们占据一时不可怕，可怕的是我们的澎湖水师全灭，而大员却成了他们的补给地。不过会演变成什么局面，就要看吴平和羽霆如何应对了。”
还在李彦直到达上海之前，鸡笼就已经发现了敌踪。
王直和破山南下之后，在浙东海面花了一点时间吸纳新人、吞并船队、散布流言，破山费了偌大的力气，劝王直放了嘉靖，可他却没想到李彦直没有选择先取嘉靖，而竟然能大胆地调处两京平衡，不入南京，先下上海。这样一来，破山的谋算也被打乱了，他本来以为他还有几个月的时间来攻略东南，但李彦直抵达上海的时间却比他的预料大大提前了。
“好像又输了两成了。”破山喃喃自语着。
“你早就全输了！只是自己不肯承认而已！”角落的一个瓮子里传来一个虚弱的声音，但这句话却让破山大受刺激。
“是，是输得差不多了。可我不会放弃的，怎么也要战到最后！”
“可你再战下去，为的又是什么呢？当初你破门而出，还可以说是和他道不同不相为谋，认为他注定要失败，所以要带大伙儿走另外一条道路，但现在呢？现在他已经要成功了，你再这么纠缠下去，还有意思吗？”
破山的两个瞳孔收缩了起来，怒喝道：“你给我住口！”走了出去，重重关上了舱门！
破山和王直合兵一处以后，大小船只已达到三百来艘，兵力将近四万，抵达浙东海面后又搜罗许多可用于近海作战的渔船、海沧舟等，又招揽了两万多名虾兵蟹将，顺着北风南下，一举攻占了因张岳北上而兵力空虚的鸡笼。