神农管理部落，不望其报，不贪天下之财，而天下共富之。智贵于人，天下共尊之。他以德以义，不赏而民勤，不罚而邪正，不忿争而财足，无制令而民从，威厉而不杀，法省而不烦，人民无不敬戴。
神农晚年，因为人族无人懂得匡术，而族人深受病痛折磨，神农有感于此，前往了深山老林，去寻找草药，势要为人族解决病痛，尝尽百草，受尽折磨，写出了《神农百草经》，传于人族，终于功成身退，功德圆满，自此成就地皇果位，在火云洞中隐修，和伏羲一同镇压人族气运。
在姬水河畔有一部落叫有熊部落，部落酋长名叫少典，少典娶妻有蠕肛。氏附宝。
有一天晚上，附宝见一道电光环绕着北斗枢星。随即，那颗枢星就掉落了下来，附宝由此感应而孕。怀胎二十四个月后，生下一个儿子，这孩子一生下来，就显得异常的神灵。生下没多久，便能说话。
到了十五岁，已经无所不通了。后来他继承了有熊国君的王位。因为部落居于姬水，于是改姓为姬，正是日后的人皇轩辕。
轩辕和前两位人皇不同，乃是秉持杀伐之气人生，善于兵法，能征善战，被阐教的广成子收为弟子。
广成子自然不敢怠慢，人皇之师，何等最贵，自然是尽心尽力，为轩辕分忧解难，并且传授了玉清仙法。
此时恰逢九黎一族作乱，九黎一族乃巫人混居后裔，身有巫族血脉。其中有一人名蚩尤，证得了大巫真身，神通广大，又有着八十一个兄弟部落，各个部落有镇族铜人一具，九九八十一具铜人刀枪不入，不惧水火，打得炎帝部落节节败退，无奈之下，炎帝部落向轩辕部落求援，自此掀开人皇之争。
轩辕终究抵挡不住蚩尤神威，连战连败，百折不挠，最后唯有向老师广成子求助，一时间阐教弟子纷纷下山，助轩辕击败蚩尤，就连天庭都插手其中，派遣了九天玄女下凡，帮助轩辕证道人皇。
虽然说所有的师兄弟都下山助轩辕一臂之力，想要积累功德，黄龙真人却是丝毫不理会，一心参悟大道，争取早日证道混元大罗金仙之境，却是被某些人看在了眼里，心中起了排挤之心，所以黄龙真人在阐教之中人缘并不好，只和玉鼎真人、云中子寥寥几人有些交情。
刀兵一起，自然天道有感，洪荒之中渐渐充斥了一股杀气和煞气，让无数人纷纷紧闭洞府，默运元神，查看天机，不敢涉入其中。
最后，轩辕黄帝在逐鹿之战中击败了蚩尤，将蚩尤擒获，可惜的是蚩尤修成了金刚不死之身，无论是刀剑斧钺，还是众位阐教弟子的灵宝，皆不能将蚩尤斩杀，幸好有着玄都法师领了圣人之命，奉上了老子炼制的轩辕剑。
轩辕剑不愧是圣人炼制，是一把圣道之剑。由老子采首山之铜为黄帝所铸，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。其内蕴藏无穷之力，为斩妖除魔的神剑，日后得了轩辕功德，成就了后天功德至宝。
轩辕黄帝成功将蚩尤大巫真身、金刚之身分成了五份，蚩尤仍然不死，身体虽然被分裂，仍然想往一处合并，众人大吃一惊，纷纷对蚩尤的神通感到震惊，黄帝无奈之下，将蚩尤的尸身的五部分，分别命人埋到了五极之地镇压，这才算是结束这场人皇之争，自此人族将九黎一族纳入了人族。
轩辕功德圆满之后，受太清圣人敕封，证道人皇果位，隐修火云洞，自此只要不沾因果，万劫不灭。