与撒马尔罕相距千里的科钦并没有像易卜拉欣那样沉浸在庆功宴和封赏仪式的喜庆中，因为科钦君主偶然得知一些要命的消息。
被留在科钦的佩雷拉突然被科钦君主请去宫殿，尽管一头雾水，但出于对这个盟友的尊重和重视，他还是立马动身前去。
进入房间的佩雷拉摘下帽子通过翻译对科钦君主躬身行礼：“尊敬的盟友，您如此着急找我是有什么急事”
“佩雷拉阁下，最近我得知一个消息，卡利卡特扎莫林已经集结一支大军，准备攻打科钦。您可以告诉我，您现在有多少力量么”科钦君主带着沉重的心情将这一坏消息告知给他。
阿尔布克尔克在完成香料装运工作后便离开，仅留下佩雷拉指挥着2艘卡拉维尔帆船保卫在科钦的贸易站，面对未知的危险，他却要支撑到夏秋之交才能等到里斯本的舰队抵达。
虽然他很想安抚盟友，但他决定还是如实相告：“很遗憾，仅有2艘卡拉维尔、3条小艇、座堡垒和50人。”
科钦君主绝望地叹一口气：“虽然事端是因贵方而起，但我并不想出卖盟友，也不想让贵方白白牺牲，趁着现在扎莫林还没围城，风向有利，你们快收拾好细软到大洋的另一边避一避吧。”
“那您打算怎么办”佩雷拉问道。
科钦君主缓缓摇头：“我不打算作无谓的抵抗来徒增伤亡，如果别无选择，那就只能谦卑地跪在卡利卡特的暴君面前乞求他的原谅。”
如此消极的回答让佩雷拉感到责任重大，他知道他留下来就是为了保卫葡萄牙利益的，若是就这样不战而逃，葡萄牙在印度洋的外交声誉和威望会遭到不可挽回的损失，像马林迪、科钦这样的合作者将会大大减少，乃至于原先对葡萄牙释放善意的港口都会对卡利卡特屈服，这对于投送能力有限的葡萄牙来说是非常不便的。
“您在说什么话，这是在诱使我军怯懦地抛弃盟友么以天主的名义起誓，我绝对不会抛弃科钦，如何情势需要，我和所有部下都会为您效力至死，在此坚守直到打败扎莫林。”佩雷拉斩钉截铁地向科钦君主保证道。
葡萄牙人的回答让科钦君主认为他们疯了，而佩雷拉没有理会科钦君主诧异的态度，他继续询问道：“尊敬的盟友，大敌当前，您可以为战事提供多少战士和物资”
不知不觉间，佩雷拉已经成为了科钦宫廷的主心骨，所有关于防务的事情都由他一言而决，科钦君主就成了个附和的。
科钦君主不确定地说了个数：“最多……八千吧，建材和军需补满城堡的仓库还是绰绰有余的。”
佩雷拉听到这个数并不乐观，最多八千，那就是比这个数少，而且估计战意不高、素质不足，肯定是无法作为主力使用的。
但他还是劝慰科钦君主道：“您就放心吧，最后取得胜利的一定是我方。”
离开宫殿后，他将所有的葡萄牙人都召集到科钦堡垒，向他们宣布战争即将来临：“同胞们，留守科钦的我们即将再度接受考验，阿尔布克尔克司令官为我们留下了堡垒，接下来，我们要依靠慈爱的天主所赐予的勇气和智来克服接下来降临的一切困难。”
此话一出，下面的人群开始喧哗起来。商栈的代理人有些忧心忡忡，传教士和军官则对接下来对抗异教徒的圣战热情高涨，他们是带着在再征服运动中塑造的思想来到印度洋的。