但是如果土官叛乱，将会给朝廷带来非常大的麻烦。
如播州之役的杨应龙，奢安之乱的奢崇明和安邦彦。
他们的叛乱不但让当地百姓流离失所，还让大明财政陷入了危机，将大明拖入泥潭。
面对土官的威胁，大明朝廷自永乐时期就开始了改土归流。
（改土归流的意思是废除当地土司制度，像内地一样改由朝廷委派流官治理，又称改土官为流官。）
永乐十一年，平定贵州思南和思州的叛乱后，朱棣废除了两地的土司制度，改由流官治理。
平定这次叛乱的经过带有一丝传奇色彩。
朱棣为了平定这次叛乱准备了五万大军。
结果根本没用上。
在大军出发的同时数百锦衣卫也从京师出发，先大军一步潜入了思南和思州。
孤军深入的锦衣卫在思州城擒获了思州宣慰使田琛，将其押解进京。
另一伙锦衣卫更厉害。
他们翻山越岭来到思南地区，悄悄摸进思南宣慰司衙门大院，抓获了将正在睡梦中的思南宣慰使田宗鼎。
由于在撤离途中被敌人发现，锦衣卫只能将其活活捅死然后扬长而去。
其后的成化，正德，嘉靖，万历，天启都进行了不同程度的改土归流。
到了崇祯年间。