年仅十三岁的刘肇在朝臣的帮助下，一举扫平了外戚窦氏一党的全部掣肘，窦太后退隐深宫，不再过问政事，他将全部权利位于己身。
这位少年天子，开始了他的时代。
永元五年
三月
之前由窦氏支持，继承北单于之位的於除鞬单于叛乱，认为匈奴人不应该屈居于汉人之下，驱逐了管理北匈奴的汉人，意图恢复先祖的荣光。
刘肇下令，命负责北匈奴的护匈奴中郎将任尚将其讨灭。
四月
护匈奴中郎将任尚以精锐骑兵五千，在狼居胥山西部的安侯河，大败北匈奴二万骑兵，北单于於除鞬单于被俘，押至京师问罪。
七月
南匈奴南单于安国意图叛乱，被骨都侯喜发觉，报至驻守五原的镇北将军府，镇北将军白阔与护匈奴中郎将耿夔一同出兵平定，南匈奴遂定，南单于被骨都侯喜斩杀。
骨都侯原是被匈奴单于所册封，后来匈奴南附，骨都侯成为大汉册封匈奴内部首领的职位，喜是南匈奴的一位贵族，他的女儿嫁给了镇北将军白阔。
白阔是白宛之子，承袭修武侯爵位，世代替大汉镇守北疆，镇北将军有权在北方敌人来犯时，暂时节制北疆十二郡的边兵。
自从镇北将军府设置以来，匈人再也没有突破长城防线的。
镇北将军府兵额三千，除了统领边线守军以外，还负责看顾南匈奴，与负责南匈奴的护匈奴中郎将一同看护。
正是因为有着镇北将军府的分担压力，使得耿夔的兵额只有二千，远不如任尚的五千。
永元六年
七月
西域来报，西域都护班超大破焉耆国、尉犁国、危须国、山国，并斩杀了焉耆与尉黎两国的国王，其首级随军报传送至京师，献于刘肇。