根据孙承宗所写奏折来看，其中最严重的问题，便是贪腐严重、缺饷缺额严重。
花名册上十万大军，实际仅存一万七千，且多是老弱病残、市井流氓。
三大营由勋贵武臣、提督宦官、协理文官分管，三家各分一杯羹，受压迫最深的永远是那些底层士卒。
各级武官经常以各种各样的名目克扣军费军饷，甚至还吃空饷、喝兵血。
也就是说，每月饷银虽然会按时发放，但实际上却没有这个兵卒，此兵卒只存在于花名册上。
至于属于此兵卒的饷银，则尽数落到将领私囊。便是实际在营的士卒，饷银也经常被上官克扣。
最终导致士兵素质极其低下，甚至达到面黄肌瘦、无力穿戴甲胄的地步，三千营骑兵也“上马亦不能挥鞭而驽马”。
再就是占役问题，即勋贵权臣驱使三大营士卒帮他们干私活。
三大营驻于京师，而京师权贵甚多。三大营作为免费劳动力经常会被这些权贵调去干些营造府邸之类的私活。
其实大明自从立国以来，确实有军队协助工程建造的传统，但那是为国家而并非为个人私利。
崇祯朝私人占役现象已十分普遍，毕竟谁又能拒绝这些免费劳动力呢？
反正又不花钱，不用白不用。
最后便是军队战力问题。
孙承宗奏折上所写，军士全无号令，不谙步伐。神机营野战所依仗的火器竟点放不齐，只知仰天虚发。
寻常士卒吃不饱饭，便将拨下的衣甲兵刃私自贩卖。
至于战马，就更不必说。稍微健壮一点的，都被拿去贩卖。
三大营中原有马匹近三万匹，此时只剩下六千。京重大小官员办事都可以借骑，甚至还有一些无耻之徒折价把马买走，导致马匹损失极大。
便是仅存的六千战马，也大多骨瘦如柴，不堪一战。