海圆历1504年，大航海时代再度掀起波澜。
世界正府全力中心、天笼人聚居地、被称为神之地的圣地玛丽乔亚彻底成为了废墟。
正府高端战力受重创、天笼人死伤殆尽。
诡异的是，直接造成了这一切的科学海贼团及其船长牛顿并没有被下通缉令。
世人猜测是世界正府暂时不想招惹这种极恶势力，防止遭到报复。
但不管如何，科学海贼团、船长牛顿的大名彻底震撼了整个大海，名头甚至超越了海贼王罗杰，无数人为之心惊
有传言牛顿是木木果实能力者，果实能力使得那叫一个出神入化...
也有传言牛顿三头六臂，脚踏飞笼，头顶雷鸣，弹指间天笼人飞灰湮灭！
甚至也有传言科学海贼团可以召唤雷霆与天神怒火，掌握了某种强悍的古代兵器，可以横扫一切敌人。
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然而，不管外界如何议论传言，科学海贼团仿佛人间蒸发了一般，从此没了消息。
而造成了这一切的科学海贼团船长牛顿，也神秘的消失了。
有人说其与圣地玛丽乔亚一同毁灭了，有人说他前往了新世界不知名岛屿，有人说他被海军逮捕关押进了推进城，当然也有不少人认为他只是藏身起来观察着这个世界，指不定什么时候就会再度出现，震撼世人。
但不管如何，其造成的影响却如同狂风席卷沙漠一般，沙浪滔天，他的名头瞬间轰动大海。
无数人受到莫名的鼓舞，涌向大海，奔向所谓的梦想与宝藏。
值此乱像之际，四海、伟da航路每天都有无数的海贼在战斗着，而新世界的大海贼们也在趁机争夺地盘，在一处处海域掀起惊涛骇浪。
海军面临着前所未有的压力...
留给海军的时间不多了！