碇源堂不愿意萧云继续驾驶初号机那不是理所当然，让萧云继续驾驶初号机对战使徒只会让他的计划越走越偏，现在虽然还没有一个能够完全限制萧云的方法可将二号机调动过来也能减低NERV如今对萧云以及初号机的依赖。
更何况原本将二号机调动过来本也就是碇源堂计划中的事，就算没有萧云也同样会有这个过程，只是现在稍稍提前了一些，因为相比起原剧情中的碇真嗣更加的难以控制。
现在初号机这种杀一个使徒吞一个使徒的行为让碇源堂感觉非常的焦灼，使徒是要死的，但不应该是以这种被吞噬的方式去死，而且只要有可能碇源堂是绝对不希望萧云再次进入初号机的驾驶舱。
碇源堂有自己的剧本，他身后的组织也有自己的剧本，可这所有的具备在萧云出现的时候就全部乱了，在初号机吞噬第二个使徒核心后头顶上出现的光圈就代表了初号机的觉醒，而这并不是两个剧本之中的任何一个。
初号机觉醒了，很多人并不明白这其中的意义但碇源堂是明白的，但碇源堂不明白的是萧云的灵魂为什么没有被侵蚀，还像是个没事人一样，为什么初号机和萧云组合会产生这么怪的变化，那种黑漆漆让人感觉瘆人的AT力场又是怎么回事，为什么只能由碇真嗣驾驶的机体能够接受另外的人操作。
要是萧云知道碇源堂认为初号机已经觉醒倒也肯定会认可，这是质变带来的某种程度上的觉醒，和初号机一直同频的萧云能够掌握这其中的一切变化，不过初号机这次的觉醒更像是吃多了有些拉肚子，和他乱吃东西的时候一样样的，想要平复下来还得缓缓，反正现在初号机是强了很多但要表现出那种堪比神一样的统治级能力萧云估摸着还有点做不到。
觉醒与否萧云根本不在意，还不是没脑子，除非……融入一个真正具备思维的灵魂的进去，不，不一定需要灵魂只要让初号机融入一个具备思维能力的东西进去并且让初号机融合，碇唯不行碇唯根本做不到完全的控制初号机，对初号机没有主动控制权，但也没有这么做的必要现在能听懂话就够了。
种种情况让碇源堂如今已经十分忌惮萧云，自然只能尽快从别的地方补充更多的战力过来不再依靠初号机和萧云的力量然后再去寻找这些问题的答案。
而且也要将加大力度寻找碇真嗣，其实碇源堂不是没想过碇真嗣已经死了，可只要有希望那他就不会放弃更何况初号机中还有着碇唯的灵魂，若是碇真嗣死了初号机要么狂暴要么彻底沉默不应该会出现如今这样的情况。
但有个最简单的可能，人类之所以是人类那是因为人类没有神一样的力量，使徒再怎么无脑那也依然是神，碇唯哪怕融入初号机她的灵魂也是人类，而且是一个如今在萧云影响下受到了初号机自体灵魂压制的人类灵魂，就连初号机都无法感受到了一个人类是否还活着碇唯她凭什么在被压制的情况下还能感受到碇真嗣是否已经死去，而只要萧云告诉她碇真嗣还活着那也就是一句话的事，她也必然会务必坚定的相信碇真嗣还活着。
初号机和萧云的同频看似双向但其实根本就是单方面的，是萧云单方向的操控初号机，碇唯的灵魂也不可能通过同频的方式从萧云脑子里得到碇真嗣已经死去的消息，能够得到的就只是无尽的黑暗侵蚀。
不过现在的初号机的情况和萧云真的很像，整体都在逐渐变成和萧云一样的形状，把现在的初号机说是萧云的分身都不过分。
赤木律子和葛城美里听到通讯中听到萧云很有自知之明的说出碇源堂不愿意他再接触初号机，两人的表情顿时也变得有些古怪。
萧云看着两人不说话接着就道：“没事就这样，律子博士拜托你的事情你尽快。”
“知道了，有什么消息我会通知你。”
平静的日子还没过去几天，又一个使徒即将到来。
一个蓝色的菱形使徒被发现从海岸线登陆并且以直线正朝着第三新东京市的方向而来，前往拦截的联合国军甚至连靠近都无法做到就会被强大的镭射光束直接破坏，在发现无法阻拦之后联合国方面直接就对NERV下达命令要求派出EVA迎击。
然后就又到了碇源堂最挣扎的时候。